$('body').height()

で、ドキュメントの高さを取得したかったのですが、どうしてもWindowで表示されている領域の高さしか取得できませんでした。

ドキュメント自体は、高さ4000px とかあるのに、1080px とか、表示されているドキュメントのサイズが返ってきてしまいます。

原因は、

cssで、body にheight:100%; を設定していた

でした。この設定を消したところ、問題なくドキュメント全体の高さが取得できるようになりました。同じ原因でハマっていたらチェックしてみてください。