PythonでPerlで言うところのchomp()相当の処理を行うには… stringオブジェクトのrstrip()メソッドを使う．

for line in sys.stdin :
    line = line.rstrip()
    ... 

rstrip()は行末の空白文字を取除く．空白文字とはstring.whitespaceで定義されているように 't', 'n', 'r', 'v', 'f' である．本当に改行コードだけを削除する場合は，rstrip()に削除する文字を引数として渡せばよい．

for line in sys.stdin :
   line = line.rstrip('rn')
   ...